A governança e gestão do Programa se estabelece por meio de uma estrutura organizada em três níveis: Estadual, Diretorias Regionais de Ensino e Municipal.  

As Diretorias Regionais de Ensino  da SEDUC são as grandes responsáveis pelo  fortalecimento da gestão municipal e escolar na implementação das ações do Programa.

Dentre as ações que as equipes regionais desenvolvem destacam-se a assessoria, o acompanhamento das ações, o monitoramento dos resultados e a construção de uma dinâmica permanente de relação e engajamento com os municípios, permitindo que o programa e a agenda da alfabetização das crianças se mantenha viva e em constante evolução. 

As quinze (15) Diretorias Regionais de Ensino de Mato Grosso, contarão com apoio de  equipe estadual e municipal, a fim de que possam realizar as ações de assessoria pedagógica, acompanhamento e monitoramento dos resultados das ações e formação continuada.